Instalar y configurar Zotero

Este tutorial es sobre el gestor bibliográfico que yo utilizo. Es lo que uso como manual cada vez que tengo que instalarlo en un nuevo ordenador. Lo publico por si a alguien más se puede ser de utilidad.

Un gestor bibliográfico

Un gestor bibliográfico es una herramienta importante para realizar cualquier trabajo académico en el que se vaya a citar bibliografía. Duele casi físicamente pensar en la gente (yo mismo hace unos años) que nunca ha utilizado uno y se enfrenta a las citas bibliográficas de forma manual, una de las tareas más pesadas y en las que se cometen más errores por no utilizar la herramienta adecuada.

Con un gestor bibliográfico el trabajo bibliográfico se hace en cuatro fases:

1. Introducir los datos de cada publicación en la base de datos. Se puede hacer de forma manual, pero lo correcto es hacerlo de forma automática desde la web de la publicación, sólo dando a un botón.

2. Añadir las citas mientras se escribe en cualquier procesador de texto, utilizando el plugin adecuado.

3. Crear la bibliografía, normalmente al final del documento, de forma automática, para todas las citas incluidas en el texto.

4. Seleccionar el formato para las citas en el texto y para la bibliografía, según donde se vaya a presentar el trabajo. Se suele hacer al principio, pero se puede cambiar en cualquier momento sin problemas. Los formatos para las distintas revistas y universidades importantes están ya establecidos, por lo que sólo hay que seleccionar el que se quiera utilizar.

De esta forma sale la bibliografía (y las citas) sin errores y sin tener que desesperarse por el formato de las mismas. Además la base de datos puede servir también para guardar las publicaciones en pdf o enlaces.

¿Porqué Zotero?

De los muchos gestores bibliográficos que existen los dos más populares probablemente son Zotero y Mendeley,  aunque hay otros muchos.

Yo utilizo Zotero porque es multiplataforma, de código abierto y gratuito (se supone que para siempre). La única pega que tiene es que sólo deja guardar en la web hasta 300 mb, lo que se queda corto si pretendes guardar los pdf de toda tu bibliografía en su web. Además permite fácilmente exportar la base de datos o cada librería por separado y compartir distintas bibliotecas con otros usuarios. Mendeley ofrece más espacio (aunque también limitado, pero exporta peor y cuando lo he probado no me ha funcionado bien. Además es cerrado, propiedad de Elsevier, por lo que en cualquier momento puede ser de pago o cerrarse.

La limitación de espacio de Zotero se soluciona no guardando los pdf en su web sino en Dropbox, Drive o cualquier otra nube que utilices (ver configuración más adelante). En Zotero entonces se guarda sólo el enlace, por lo que no ocupa casi nada y el espacio se convierte en casi ilimitado.

Instalar Zotero

Es necesario hacerse una cuenta en la web de Zotero para poder sincronizar con ella.

Para realmente trabajar bien con Zotero, lo ideal es instalar la aplicación en el ordenador. Esta aplicación se sincronizará con tu cuenta cada vez que entres o que hagas algún cambio. Pero para importar bibliografía mejor con la aplicación. Los pasos para instalar todo correctamente son:

  1. Hacerse una cuenta en Zotero
  2. Instalar la aplicación de Zotero en tu ordenador
  3. Instalar Zotero connector, para obtener bibliografía de la web diréctamente.
  4. Instalar plugins para los procesadores de texto que utilices.
  5. Instalar otros plugins que utilices.

Una vez hechos estos pasos, pasaremos a la configuración de Zotero.

Hacerse una cuenta en Zotero

Página principal de Zotero. Localiza “Log in” en la parte superior derecha y “Download” en rojo en el centro.
  1. Entrar en la web de Zotero:

https://www.zotero.org/

 

 

 

 

  1. Crear una cuenta. Para ello entrar en “Log in” y en Register for a free account.

    Página ‘Login’ de Zotero. La primera vez regístrate en “Register for a free account”, luego ya puedes entrar con tu usuario y clave.

 

 

 

 

 

 

No te olvides de la clave. Guárdala convenientemente.

Pantallazo de mi cuenta de Zotero.

Instalar la aplicación de Zotero

En linux está en los repositorios, por lo que sólo hay que buscarla e instalarla. En Windows o Mac supongo que pinchando en “Download” debería bajarse un .exe o similar que te instale la aplicación sin problemas.

Al instalar la aplicación te preguntará usuario y clave de tu cuenta de Zotero, introdúcela. También te preguntará (si no recuerdo mal) si quieres instalar el plugin para Office o para LibreOffice (lo que uses). Dile que sí. Será muy útil para crear las citas y la bibliografía en tus trabajos o publicaciones.

Instalar Zotero connector

También, desde dentro de tu cuenta, en “Download” (arriba-derecha), se puede descargar el plugin «Zotero connector» para Firefox, que es muy útil para introducir bibliografía desde el navegador.

 

 

 

 

Instalar plugins para los procesadores de texto

Desde Zotero podemos utilizar la biblioteca para citar artículos en nuestros trabajos o artículos. Hay plugins para Office, LibreOffice, e incluso Google Drive. Con éstos se puede citar los artículos en el texto e insertar una bibliografía al final. Para hacerlo en documentos Rmarkdown en R, también se puede, pero es necesario exportar la biblioteca previamente en el repositorio del proyecto.

Para instalar el plugin para el procesador de texto que utilices, durante la instalación de Zotero en el ordenador te habrá dado la opción. Si no lo hiciste en ese momento se puede hacer fácilmente siguiendo las indicaciones en la ayuda de Zotero.

Si no lo has utilizado nunca, deberías también entrar en la ayuda. Básicamente son botones para «crear cita», «crear bibliografía», actualizar y opciones.

Instalar otros plugins

De los muchos plugins posibles para ampliar las capacidades de Zotero (una de las ventajas del código abierto es que cualquiera, que sepa, puede programar un nuevo plugin) yo utilizo dos:

De https://www.r-bloggers.com/zotero-hacks-unlimited-synced-storage-and-its-smooth-use-with-rmarkdown/
  1.  ZotFile , organiza la base de datos de pdfs en una carpeta local para no llenar la nube de Zotero.
  2. Better BibTeX, exporta una biblioteca .bib que se sincroniza automáticamente cuando se añade algún registro. Es muy útil si escribes documentos en Rmarkdown, si no no la necesitas.

Para instalar un plugin en Zotero hay que bajarse el archivo .xpi y después entrar en Zotero > Herramientas > Complementos. Pinchar en la rueda de arriba a la derecha y en «Install add-on from file».

 

Configurar Zotero

Entrar en Zotero > Preferencias. Se abre una vventana con varias pestañas. Vamos a ir una por una.

General. Dejo todo marcado (viene así por defecto) excepto la pestaña «Tomar instantáneas automáticamente al crear elementos a partir de páginas web». Si se activa llena los registros de htmls poco útiles.

Sincronizar. Aquí tienes el enlace a tu cuenta de Zotero. Es importante desmarcar la casilla «Sincronizar contenido de texto completo» para que no se suban los pdf a la nube. Utilizaremos luego el plugin ZotFile para guardarlos en nuestro ordenador y enlazarlos en la nube.

Buscar. Configura la base de datos para las búsquedas. Como está predefinido está bien.

Exportar. Elige el estilo para la copia rápida. Se puede cambiar al que  más te guste si lo utilizas.

Citar. Establece los estilos de las citas. Hay unos cuantos guardados localmente pero se pueden añadir los que se quieran con archivos .csl o pinchando en «Obtener estilos adicionales»  que utiliza la web de estilos de Zotero.

También dentro de «Citar» está la pestaña para instalar los plugins para los procesadores de texto.

Avanzadas. De aquí vamos a cambiar sobre todo la pestaña «Archivos y carpetas«. En el Directorio base hay que poner la dirección del directorio en el que se quieren guardar los pdfs de todas las publicaciones de Zotero. En mi caso utilizo una carpeta dentro de Dropbox que llamo «zotero-biblio».

Para el directorio de datos y todo lo demás dejo los valores por defecto.

Configurar ZotFile

Esta extensión  es la que nos va a permitir guardar los pdfs de los artículos en una carpeta local enlazada en Zotero, además de renombrarlos de forma homogénea. Esa carpeta se tiene que sincronizar entre los diferentes ordenadores en los que se utilice Zotero, por lo que yo he optado por una carpeta de Dropbox, pero podría ser Drive o cualquier otra nube que se sincronice.

Para configurar ZotFile, entrar en Zotero > Herramientas > ZotFile preferences… que entra otra vez en una ventana con varias pestañas:

General. Aquí hay que definir dos rutas:

  1.   La primera de ellas, «Source Folder for Attaching New Files», es la localización de la carpeta por defecto en la que se bajan los archivos en el navegador web. Mira en tu navegador.
  2. La segunda, «Custom Location», es la carpeta con los pdfs que se sincronizará entre los diferentes ordenadores, en mi caso «/Dropbox/zotero-biblio».
  3. Además, en «Use subfolder defined by» yo tengo puesto «/%y» para que los pdfs estén en carpetas por años. En la i de información vienen los códigos para otras organizaciones (tiene que ser la misma en los distintos ordenadores que se usen).

Tablet Settings. No utilizo tablet, así que no cambio nada.

Renaming Rules. Aquí se especifica cómo quieres que se nombren los archivos pdf. En mi caso está por defecto que es «{%a_}{%y_}{%t}», es decir, autor, año y título. Tengo también marcadas «Change to lower case», «Replace blanks», «Maximum length of title = 60» y «Maximum number of authors = 1». Todo lo demás desmarcado (sobre todo la de «Use Zotero to Rename»).

Advanced Settings.Seleccionada pdf.js, «Always rename» en «Automatic rename new attachments» y todo desmarcado excepto «Remove special characters (diacritics) from filename».

 

De esta manera, teniendo la misma configuración en distintos ordenadores, puedo tener la biblioteca sincronizada.

Nota: Si ya tienes lleno Zotero, es muy fácil actualizar todas tus publicaciones, marcando todas las publicaciones de la librería y dando al botón derecho > Manage attachments > Rename attachments

 

Referencias

La información de este post ha sido modificada de la existente en «Zotero hacks: unlimited synced storage and its smooth use with rmarkdown«, que además explica cómo utilizarlo con Rmarkdown.

 

 

 

Repelentes de insectos y algunos tratamientos químicos para reducir las pepitas en las mandarinas

Estamos estudiando la manera de eliminar las pepitas en las mandarinas. En realidad las mandarinas de variedades sin pepita, producen pepitas cuando son polinizadas con polen de otras variedades (o incluso de otros cítricos).

Hemos probado algunos de los químicos que están en la bibliografía como efectivos y además algunos repelentes de insectos, para evitar la polinización. Al final los repelentes no han tenido ningún efecto, mientras que el sulfato de cobre junto con ácido giberélico ha conseguido una efectividad bastante baja (del 35 % ) .

La única forma efectiva de reducir de forma clara el número de semillas es cubrir los árboles con redes para evitar el contacto con los polinizadores.

Los frutos sin semilla son más pequeños que las mandarinas con semilla, que se hacen más grandes al tener mayor cantidad de hormonas de crecimiento, debido a las propias semillas. Esto podría hacer que al eliminar las semillas la cosecha sea menor y además de calibres más pequeños.

Para más detalles, en la revista:

Insect repellent and chemical agronomic treatments to reduce seed number in ‘Afourer’ mandarin. Effect on yield and fruit diameter

Porcentaje de mandarinas con semillas (azul) y sin semillas para los distintos tratamientos: C-, control negativo, árboles cubiertos con malla; CuGA, sulfato de cobre con ácido giberélico; ZnRep, repelente de insectos basado en Zinc; CapRep, repelente de insectos con extracto de guindillas; C+, control positivo, árboles sin tratamiento ninguno.

 

Protocolo para forzar la floración en árboles de mandarina en el Fitotrón

Obtener flores fuera de la temporada de floración es muy útil cuando estamos estudiando la polinización. Esto nos permite tener polen en cualquier época de año y probar algunas hipótesis antes de pasar a los ensayos de campo.

Las flores las obtenemos poniendo a los árboles con un fotoperiodo primaveral y con un fuerte estrés hídrico.

Los ensayos en Fitotrón nunca podrán sustituir a los de campo, pero permiten controlar perfectamente las condiciones ambientales, cosa que en campo es imposible.

Para ver el video y bajarse el artículo:

Forced Flowering in Mandarin Trees under Phytotron Conditions

Garmendia, A., Beltrán, R., Zornoza, C., García-Breijo, F. J., Reig, J., Raigón, M. D., Merle, H. Forced Flowering in Mandarin Trees under Phytotron Conditions. J. Vis. Exp. (145), e59258, doi:10.3791/59258 (2019).

El purín de ortigas no mejora la cosecha

Este año hemos publicado un artículo en PeerJ sobre el purín de ortigas (Urtica dioica). El resultado principal del artículo es que el tratamiento con purín de ortigas no funciona para mejorar la cosecha, al menos en patatas en los suelos de huerta de Valencia. Si algún lector ha realizado algún experimento similar, tanto si le sale que funciona, como si no, por favor dejar el enlace en comentarios.

En contra de lo que mucha gente dice, no ha sido difícil publicar un «resultado negativo». Supongo que tiene que ver con que el diseño experimental esté bien hecho y el resultado sea claro.

El resultado es importante, ya que el tratamiento con purín de ortigas es uno de los tratamientos más utilizados en agricultura ecológica y sin embargo no existía ninguna publicación en la que se evaluase su efecto de forma objetiva.

Para evitar sesgos hemos utilizado un sistema de doble ciego, como se utiliza en medicina. De esta forma ni el agricultor, ni yo mismo mientras realizaba los análisis sabía qué producto era cual. Es decir, el agricultor no podía cuidar más a unas plantas que a otras o a la hora de medir la cosecha no se sabía de qué tratamiento era cada medida. Los códigos utilizados se desvelaron al final. En realidad tampoco hubiese sido necesario, dado que al final no había diferencias significativas entre tratamientos.

 

Diseño experimental en 6 bloques. en cada bloque se han realizado los 6 tratamientos.

 

Los tratamientos que hemos comparado son:

  • Purín de ortigas comercial, a la dosis recomendada por el fabricante.
  • Purín de ortigas comercial, a la mitad de la dosis recomendada por el fabricante.
  • Purín de ortigas comercial, al doble de la dosis recomendada por el fabricante.
  • Purín de ortigas junto con purín de cola de caballo (Equisetum arvense) ambos a la dosis recomendada.
  • Control positivo, con tratamiento de abono foliar convencional.
  • Control negativo, con agua, en la misma cantidad y fechas que los anteriores.

 

Efecto de los tratamientos sobre la cosecha (kg/m) con todos los datos (102 grados de libertad). Los tratamientos son: (A) Purín de ortiga a dosis recomendada (RD); (B) Purín de ortiga a 1/2 RD; (C) Purín de ortiga 2 RD; (D) Purín de Urtica + Equisetum; (E) Abono foliar convencional; (F) control con agua. HSD = 0.6554 kg/m. Las columnas con la misma letra no difieren significativamente en p ≤ 0.05 (HSD).

 

El único efecto que se vio del purín es una pequeña tendencia (no significativa) a mejorar el aspecto de la planta. Pero sin afectar a la cosecha ni a la cantidad de plagas. Es curioso que el tratamiento con abono  foliar convencional tampoco sirva de nada. Probablemente tampoco sea efectivo y sea otra forma de tirar dinero (en este caso para agricultores convencionales).

Un efecto que no esperábamos es un efecto del riego. Debido a la inclinación de la parcela, en la zona más baja, el agua se acumulaba más y la cosecha en esa zona ha sido mayor. Por suerte el diseño en bloques ha servido para poder lidiar con ese efecto. El artículo se puede utilizar como ejemplo de cómo analizar el efecto de una variable anulando (utilizando los residuos) el efecto de otra.

 

Conclusión: Para cultivar patatas en Valencia es mejor no gastar dinero en tratamientos que no funcionan. Si se quiere gastar en algo, mejor aumentar lo que se pueda el riego.

 

Para leer el artículo completo, aquí.

Para obtener el código de R y los datos originales con el que se han realizado los análisis, aquí.